Le FC Saint Louis créé en 1911, connu son heure de gloire dans les années 70 et évolua en Championnat de France Division 3, qui devient en 1994 la Nationale 1. Le club sera relégué en division inférieure en 1972, remonte en 1975 pour finalement redescendre en 1978.
En 1969, le FC Saint Louis atteignit les 32e de finale de la Coupe de France il est éliminé par le Stade de Reims après prolongation.
En 1970, le FC Saint Louis est éliminé lors des 32e de finale de la Coupe de France à Mulhouse, par le futur vainqueur de la compétition, l’AS Saint Etienne.
Le FC Saint-Louis fusionne en juin 1990 avec le FC Neuweg, le club du quartier de Saint Louis La Chaussée, et devient le FC Saint-Louis Neuweg. Le club, présidé depuis le 2 octobre 2009 par Pierre Fichter, évolue dans le Groupe C [archive] de CFA 2 pour la saison 2009-2010.
Durant la saison 2008/2009, le FC Saint-Louis Neuweg ne comptait pas moins de 343 licenciés, parmi lesquels 152 adultes et 191 jeunes. À l’aube de son 20e anniversaire d’existence, le FC Saint-Louis Neuweg est en train d’écrire les plus belles pages de son histoire. Le club développe une politique de formation axée sur les jeunes pour faire de ses équipes les meilleures de la région.
Grâce à la politique sportive de la ville de Saint-Louis, le club dispose depuis 2008, d’un nouveau stade fonctionnel et adapté. L’objectif à moyen terme de devenir le prochain club alsacien à évoluer en National (3e niveau national) est atteint en 2015. Les autres licenciés se retrouvent au Stade de l’Au, lieu où évolue l’ensemble des jeunes, notamment lors des grands tournois qui y sont organisés, et des équipes réserves.
Plus récemment, le club s’est doté d’un nouveau logo, symbole d’unicité et d’identité affirmée. Ceci marque également le point de départ de la nouvelle stratégie du club qui le pousse vers le plus haut niveau.
Le FC Saint-Louis Neuweg et le FC Bâle se sont fixé d’offrir aux jeunes footballeurs talentueux de la région des trois Frontières une formation au plus haut niveau.
Dans le cadre de ce projet, les deux clubs se sont mis d’accord sur le fait d’uniformiser leurs comportements dans le cadre de la formation et de l’amélioration de jeunes footballeurs talentueux.
Enfin, ce partenariat se traduira entre autres, par une rencontre amicale annuelle entre les équipes premières au Stade de la Frontière à Saint-Louis.
Lors de la saison 2018-2019 le club atteint le 8e tour de la Coupe de France mais s’incline 2-0 contre l’AS Nancy. St-Louis frôle la relégation en National 3 mais enchaîne les victoires dans les dernières journées et termine à la 6e place.
En 2021, le club atteint les 16èmes de finale de la Coupe de France.
